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Trasferito nel 1922 nella caserma Marbeuf, prende allora la denominazione di "Museo corso di Bastia". Saccheggiato sotto l’occupazione, perde gran parte delle collezioni e tutti gli archivi.
Nel 1952 gli succede il "Museo etnografico corso" che viene collocato nel cuore del Palazzo dei governatori genovesi. Questo nuovo ente si interessa in modo particolare all’etnografia rurale, tuttavia integra le collezioni del precedente sfuggite al saccheggio e le tematiche affrontate sono varie. Queste continuano a crescere ma, a poco a poco, l'esposizione invecchia e il museo non riesce a dare risposta alle nuove esigenze del pubblico. Si decide dunque di rinnovarlo e di ingrandirlo ricostruendo le parti del palazzo distrutte al tempo dell'ultima guerra.
Nel 2004 nasce un nuovo programma scientifico e culturale del museo. È imperniato sulla storia della città.
L'esposizione permanente sarà a tema e orientata attorno a tre tematiche principali: l’urbanistica, il peso politico, sociale ed economico della città e la sua ricchezza intellettuale e artistica. In effetti, Bastia, capitale della Corsica genovese, rimane il più vasto complesso urbano di questo periodo. È anche la città corsa che conta il maggior numero di edifici religiosi d’epoca barocca. Infine, costituisce l'esempio più riuscito di espansione cittadina e industriale in Corsica nel XIX secolo. Questi punti di forza politici ed economici hanno fatto sì che si creasse un'elite intellettuale la cui influenza si è estesa per tutta la Corsica.
Il progetto di rinnovamento e di ampliamento del palazzo dei governatori, inizialmente preso in carico dall’architetto torinese Andrea Bruno, è stato ripreso nel 2004 dall’agenzia parigina CPLUSD, (Daniel Cléris e Jean-Michel Daubourg, architetti). Il progetto punta a recuperare le parti antiche di questo monumento storico, a ricostruire in stile contemporaneo le ali nord e ovest parzialmente distrutte all'epoca dell'ultima guerra e a modificare il complesso adattandolo alla sua destinazione museale. Si estende su 8213 m² di cui 1345 m² di nuova costruzione.
