Avec 5% du PIB environ et 7% de la population active, l'industrie est le talon d'Achille de l'économie de l'île, qui compte parmi les régions les moins industrialisées de France. Soumise aux contraintes de l'insularité, la région n'a jamais affiché de véritable vocation industrielle et n'a pas été en mesure de développer un secteur manufacturier important.

Une filière aéronautique importée du continent, un peu de chaudronnerie industrielle et d'agroalimentaire et de petites industries du bois, du tabac et du liège résument le secteur secondaire de l'île où une trentaine d'entreprises dépassent la vingtaine de salariés et où une seule emploie plus de 100 personnes. Le bâtiment mérite cependant d'être mentionné, puisqu'il représente 10% environ des emplois de ce secteur. La majeure partie de la production d'électricité est assurée par deux centrales thermiques fonctionnant au fioul, installées à Lucciana près de Bastia et à Vazzio près d'Ajaccio. Par ailleurs, 7 barrages alimentent des centrales hydrauliques notamment aux environs de Calacuccia et Prunelli. Le complément éventuel arrive d'Italie par câble sous-marin. Les éoliennes mises en place au cours de l'année 2000 devraient permettre des économies substantielles aux ménages.